昭和14年10月、熊本医科大学（官立、熊本大学医学部の前身）に附属研究所として体質医学研究所（体研）が設立されました。体研は順次整備され、昭和17年には4部門の一つである体質臨床学部門が設立され、これが今日の代謝内科の母体となっています。この初代教授に、北京大学教授の木田文夫博士が就任。木田教授は終戦をはさみ、昭和24年まで在籍されました。在籍中は旺盛な著作活動を続け、戦後、「知恵遅れの子ども」の本はベストセラーとなり、第37回日本医師会最高優功賞を授与されました。

昭和24年、新制大学の発足で従来の体研は医学部ではなく大学本体の「附置」となり、熊本大学体研成人体質学研究部と名称が変更されました。木田教授の転出後、後を継いだ第2代、宮尾定信教授は熊本大学医学部助教授から着任、以後17年の長きにわたり重責を全うされ、従来未開拓であった成人病領域（高血圧、糖尿病、脳卒中、心臓病）の体質学の体系化に成功されました。

第3代、鵜沢春生教授は九州大学医学部講師より昭和47年に着任、以後15年間在籍され、動脈硬化、脂質代謝、高血圧に関する数多くの業績を上げられています。昭和59年4月、体研は廃止転換され、熊本大学医学部代謝内科学となり、全国でも初めての専門講座が発足しました。

第4代、七里元亮教授は大阪大学医学部第一内科助教授より昭和62年に着任、平成12年3月に退官されるまで13年間在籍され、研究・診療体制を拡充するとともに、地域医療のレベルアップにも尽力されました。